Çölyak hastalığı genetik bir hastalıktır. Ailevi kalıtım söz konusudur. Hastalık yaşamının herhangi bir yerinde ortaya çıkabilmektedir. Bazen çölyak hastalığı, bir ameliyatla, doğum sonrasında, gebelik sürecinde, viral enfeksiyon ya da şiddetli duygusal stresten sonra tetiklenebildiği gibi direkt çölyak hastalığı tablosuyla da ortaya çıkabilir. Çölyak hastalığı literatürde; çocukluk, ergenlik, orta yaş ve yaşlılıkta ortaya çıktığı görülmüştür.
Çölyak hastalığı, vücutta immunolojik cevabı tetikleyen çevresel (gluten tüketimi) ve genetik faktörlerin birlikte rol oynaması sonucunda ortaya çıkar. Çölyak hastalığın oluşması için hem genetik yatkınlık hem de çevresel faktör olan glutenli gıdalar tüketmekle kendini gösterir.